Deux types de tests

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Pour poursuivre et clarifier les débats entourant le rôle des tests dans la compréhension de l’épidémie de COVID-19 et les politiques sanitaires liées, voici un petit billet sur une distinction importante. Deux types de tests peuvent être mis en œuvre. Au début de l’épidémie, quand on s’efforce de limiter le nombre de personnes infectées pour minimiser le nombre de celles qui deviendront des « cas graves », on effectue (plus exactement, on devrait faire sur toutes les personnes ayant des syndromes grippaux et celles qui ont eu des contacts avec les cas confirmés) des tests de charge virale. En langage plus simple, on essaye de voir si ces personnes « ont » le virus de façon active, si elles sont « malades » (même sans symptômes) et peuvent transmettre la maladie à d’autres. Mais lorsqu’on parle d’études de prévalence, il ne s’agit pas que de ce type de tests mais aussi de détecter les personnes qui ont déjà eu la maladie (même sans le savoir) et sont immunisées. Au lieu de détecter le virus, ces tests dits d’immunité détectent les anticorps spécifiques que le système immunitaire a produit au contact du virus.

Les buts des deux types de tests sont différents :

  • les tests de détection virale visent à détecter le fait qu’une personne donnée est infectée. Et – comme on l’a vu dans mon précédent billet –, à limiter le nombre de personnes qui en auront des conséquences critiques, y compris par le confinement renforcé, le suivi médical et l’administration de médications préventives aux personnes infectées,
  • les tests d’immunité peuvent aussi servir à détecter les personnes qui ont été infectées, mais surtout à savoir quelles sont les personnes immunisées, à connaître ainsi l’avancée cumulée de l’épidémie, ce qui est utile dès à présent (une folie d’attendre la fin du confinement pour le faire) et à pouvoir mobiliser ces personnes immunisées dans l’aide aux autres,

Les deux types de test fonctionnement différemment. Les tests de détection virale reposent sur l’identification de morceaux du brin d’ARN du virus (pour simplifier, son code génétique qu’il va faire exprimer par les cellules qu’il infecte). Des méthodes assez simples et robustes1 fonctionnent pour cela, à base d’un ensemble de solvants qui permettent cette identification de segments du virus dans un échantillon prélevé. De ce fait, de nombreux pays ont développé la production à grande échelle de ces tests, certains bien au-delà de leurs besoins. Des laboratoires en France et à l’étranger pourraient également les produire sans délai. Ainsi l’Espagne a pu se procurer 600 000 kits de test2.

Pour parvenir à mesurer la présence d’anticorps spécifiques dans un prélèvement sanguin, les tests et mesures d’immunité partent de l’identification d’antigènes spécifiques, c’est à dire de macromolécules qui déclenchent une réponse immunitaire (ici la production d’anticorps). Dans le cas du virus SARS-CoV-2, il s’agit de protéines de l’enveloppe du virus, en faisant attention au fait que certaines (notamment celle qui permet l’entrée dans la cellule infectée) sont identiques à des protéines d’autres coronavirus. Si vous voulez comprendre le mécanisme qui se passe lors de l’infection d’une cellule, cette page du site Futura-Santé rédigée par Julie Kern l’explique particulièrement clairement. Pour détecter les anticorps, on utilise des techniques qui sont déjà industrialisées et qu’il suffit d’adapter au cas particulier du virus. Les chercheurs chinois ont travaillé dès le début de l’épidémie au premier objectif, ils ont mis au point ce qu’on appelle des « anticorps monoclonaux », ce qui indiquent des travaux dans une direction liée (plus thérapeutique). Il est plus que probable que d’autres laboratoires, en Chine et ailleurs, notamment ceux qui travaillent à la mise au point de vaccins, ont travaillé directement aux tests de détection d’anticorps. Public Health England a annoncé la disponibilité d’ici quelques jours de 3,5 millions de tests à la maison en 15 minutes (disponibilité effective à vérifier bien sûr). Il s’agit de tests d’anticorps. Cela suffit pour les études de prévalence (même si Public Health ne mentionne pas explicitement cet usage). Mais un test d’immunisation individuelle doit à la fois détecter la présence des anticorps (la réponse du système immunitaire) et le fait que la personne testée n’est plus porteuse du virus. Il ne suffit pas de savoir qu’il y a eu réponse immunitaire, il faut être sûr que le virus n’est plus présent ou en tout cas pas à un niveau qui permettrait la contagion. Deux tests négatifs du virus à 72 h d’intervalle devraient suffire à en attester si l’on en croit l’expérience des autres virus similaires. Mais la prudence s’impose pour définir un protocole qui amènerait les personnes à s’exposer3.


Rajouté le 28 mars 2020 : Mon article étant de plus en plus cité, je rajoute une précision concernant les précautions (mentionnées ci-dessus) à prendre avant de considérer qu’une personne « immunisée » est exempte de risque de contagion. Les tests de charge virale par échantillon nasal ou dans la gorge ne sont pas fiables à 100% (faux négatifs) et il est probable qu’ils ne deviendront pas fiables à 100% (ce n’est pas un problème des tests mais de la méthode de prélèvement). Il faut donc une combinaison de ces tests et de données issues du suivi clinique pour « décréter » qu’une personne peut être envoyée à une activité sanitaire ou sortie du confinement. À l’opposé, cet article du Lancet paru hier remarque que les tests par PCR peuvent rester positifs longtemps après que le virus vivant ne soit plus détectable en culture mais que, malgré toutes les incertitudes, l’usage de la charge virale comme indicateur clinique reste pour l’instant la moins mauvaise solution.

  1. Voir plus bas, robustes dans le sens que s’il y a du virus dans l’échantillon il est détecté correctement, mais ce n’est pas garanti du fait des techniques de prélèvement. []
  2. J’ignore s’il s’agit de tests de charge virale ou de tests d’anticorps, voir paragraphe suivant. []
  3. Les 3 dernières phrases ont été modifiées après obtention d’un avis d’un virologue expert. []

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